Высшими органами таможенного союза являются:

- Межгосударственный Совет на уровне глав государств (состав: Президент Республики Беларусь Александр Григорьевич Лукашенко, Президент Республики Казахстан Нурсултан Абишевич Назарбаев, Президент Российской Федерации Дмитрий Анатольевич Медведев);

- Межгосударственный Совет на уровне глав правительств (состав: Премьер-министр Республики Беларусь Сергей Сергеевич Сидорский, Премьер-министр Республики Казахстан Карим Кажимканович Масимов,    Председатель Правительства Российской Федерации Владимир Владимирович Путин).

Постоянно действующим регулирующим органом таможенного союза выступает Комиссия таможенного союза в составе:
- Председателя Комиссии таможенного союза - Шувалова Игоря Ивановича (Первого заместителя Председателя Правительства РФ);
- Кобякова Андрея Владимировича (Заместителя Председателя Правительства РБ);
- Шукеева Умирзака Естаевича (Первого заместителя Председателя Правительства РК);
- ответственным секретарем Комиссии таможенного союза утвержден Глазьев Сергей Юрьевич.

Порядок работы Комиссии таможенного союза, организация и проведение ее заседаний, а также процедура подготовки и принятия решений и рекомендаций определены Решением Межгосударственного Совета ЕврАзЭС от 27.11.2009 N 15 "О вопросах организации деятельности Комиссии таможенного союза".